文献类型：学位论文

中文题名：EPAS1基因遗传多态性与慢性阻塞性肺疾病的关联研究

作者：何瑞琪[1];

第一作者：何瑞琪

机构：[1]甘肃中医药大学;

第一机构：甘肃中医药大学

导师：王新华;甘肃中医药大学|吕嘉春;甘肃中医药大学

授予学位：硕士

语种：中文

中文关键词：内皮PAS结构域蛋白1;单核苷酸多态性;慢性阻塞性肺疾病;关联分析

年份：2022

摘要：目的:本研究通过病例对照的研究方法,采用Taq MAN基因分型技术进行EPAS1基因的单核苷酸多态性研究。通过分析氧敏感相关基因EPAS1的多态性与慢性阻塞性肺疾病之间的关联,探讨EPAS1基因与环境的交互作用对COPD的影响,试图探寻COPD早期的潜在诊断标志物,拟从遗传和分子水平为COPD的防治提供分子生物学证据,从而为早期预防及干预该疾病的发生、发展提供科学依据。方法:1.通过病例对照研究设计,研究对象来源于广州及东莞两地社区内自然人群,根据COPD全球倡议指南中肺功能诊断的金标准:吸入支气管扩张剂沙丁胺醇后FEV1/FVC的比值是否＜0.70作为诊断标准,＜0.70表明存在持续性的气流受限,排除其他疾病后确诊为COPD纳入病例组,肺功能检查正常者作为对照组。收集了研究对象相关的问卷调查信息、肺功能检查结果以及血液样本。2.首先在千人基因组计划项目共享资源网站下载候选基因EPAS1全部SNP位点,通过Haploview软件在全部位点中筛选出最小等位基因频率MAF＞0.05的位点,Regulome DB、SNPinfo等生物信息学工具从最小等位基因频率＞0.05位点中筛选出具有潜在功能性的位点,通过haploview软件对具有潜在功能性的位点进行连锁不平衡分析,找出满足条件LD＞0.8的三个“标签”SNP位点,分别是rs13419896、rs59901247、rs6756667。使用Taq MAN探针技术对每个样本进行三个位点的基因分型,得到样本基因型结果。3.采用Epi Data3.1软件录入性别、年龄、BMI、吸烟、饮酒、文化程度、煤燃料暴露和生物质燃料暴露等基线数据,将上述数据与基因分型结果通过IBM SPSS Statistics 25.0软件进行卡方检验、logistic回归分析、分层分析、交互作用分析等方法进行SNP位点与COPD的相关性研究。结果:1.人口学特征分析后显示,在年龄≤60岁和＞60岁分布中,病例组和对照组之间无统计学差异（P=0.077）;性别分布中,病例组与对照组不存在统计学差异（P=0.325）;文化程度初中及以下和初中以上分布中,病例组与对照组存在统计学差异（P＜0.001）;在BMI＜18.5、18.5-24和≥24.0的分布中,病例组与对照组之间存在统计学差异（P＜0.001）;是否有吸烟史分布中,病例组与对照组之间有统计学差异（P＜0.001）;是否有饮酒史分布中,病例组与对照组之间有统计学差异（P=0.024）;是否有煤燃料暴露分布中,病例组与对照组间有统计学差异（P＜0.001）;是否有生物质燃料暴露分布中,病例组与对照组存在统计学差异（P＜0.001）。2.rs13419896 G＞A在logistic回归中通过调整性别、年龄、BMI、吸烟、饮酒、煤燃料暴露及生物质燃料协变量后,在共显性模型下发现rs13419896 G＞A与COPD存在统计学关联（OR=0.641,95%CI=0.460-0.891,P=0.080）,加性模型下rs13419896 G＞A与COPD存在统计学关联（OR=0.871,95%CI=0.761-0.997,P=0.045）,隐性模型下rs13419896 G＞A与COPD存在统计学关联（OR=0.650,95%CI=0.472-0.895,P=0.008）,显性模型下rs13419896 G＞A与COPD不存在统计学关联（OR=0.907,95%CI=0.765-1.076,P=0.264）。3.rs59901247 A＞C在logistic回归分析中通过调整性别、年龄、BMI、吸烟、饮酒、煤燃料暴露及生物质燃料协变量后,发现在共显性模型下rs59901247 A＞C与COPD无统计学关联（OR=1.457,95%CI=0.691-3.070,P=0.323）,显性模型下rs59901247 A＞C与COPD无统计学关联（OR=1.016,95%CI=0.823-1.254,P=0.883）,隐性模型下rs59901247 A＞C与COPD无统计学关联（OR=1.459,95%CI=0.693-3.072,P=0.319）,相加模型下rs59901247 A＞C与COPD无统计学关联（OR=1.039,95%CI=0.858-1.258,P=0.694）。4.rs6756667 G＞A在logistic回归分析中通过调整性别、年龄、BMI、吸烟、饮酒、煤燃料暴露及生物质燃料协变量后,发现在共显性模型下rs6756667 G＞A与COPD无统计学关联（OR=1.050,95%CI=0.505-2.184,P=0.896）,显性模型下rs6756667 G＞A与COPD无统计学关联（OR=0.937,95%CI=0.765-1.149,P=0.533）,隐性模型下rs6756667G＞A与COPD无统计学关联（OR=1.066,95%CI=0.513-2.215,P=0.863）,相加模型下rs6756667 G＞A与COPD无统计学关联（OR=0.951,95%CI=0.790-1.146,P=0.599）。5.分层分析结果显示,rs13419896 G＞A和rs59901247 A＞C在进行了性别、年龄、BMI、吸烟、饮酒、文化程度、煤燃料暴露和生物质燃料暴露变量的分层分析和交互作用分析后各亚组间均无统计学差异（P＞0.05）。rs6756667 G＞A在进行了性别、年龄、BMI、吸烟、饮酒、文化程度的分层分析和交互作用分析后各亚组间均无统计学差异（P＞0.05）。在不存在煤燃料暴露亚组中,病例组和对照组间无统计学差异（OR=0.866,95%CI=0.700-1.072）,存在煤燃料暴露亚组中,病例组和对照组间有统计学差异（OR=2.291,95%CI=1.037-5.065）,不存在煤燃料暴露组和存在煤燃料暴露组之间的一致性检验有统计学意义（P=0.045）,两组间相乘交互作用分析也具有统计学意义（P=0.039）。在不存在生物质燃料暴露亚组中,病例组和对照组间无统计学差异（OR=1.009,95%CI=0.813-1.251）,存在生物质燃料暴露亚组中,病例组和对照组间有统计学差异（OR=0.450,95%CI=0.236-0.855）,不存在生物质燃料暴露组和存在生物质燃料暴露组之间的一致性检验有统计学意义（P=0.040）,两组间相乘交互作用分析也具有统计学意义（P=0.035）。结论:1.EPAS1基因的SNP位点rs13419896 G＞A与COPD存在统计学关联,纯合突变AA基因型携带者COPD患病风险降低。2.EPAS1基因的rs59901247 A＞C和rs6756667 G＞A两个SNP位点与COPD都无统计学关联。3.煤燃料暴露和生物质燃料暴露是rs6756667 G＞A与COPD关联分析时的混杂因素,煤燃料和生物质燃料暴露影响COPD的发生。4.性别、年龄、BMI、吸烟、饮酒、文化程度不与rs6756667 G＞A产生交互作用。rs6756667 G＞A的多态性与煤燃料暴露和生物质燃料暴露存在交互作用。