文献类型：期刊文献

中文题名：当归咖啡酸-O-甲基转移酶基因克隆和序列分析

英文题名：Gene cloning and sequence analysis of caffeic acid O-methyltransferase in Angelica sinensis

作者：雒军[1];王引权[1];温随超[1];夏琦[1];荔淑楠[1];王振恒[1]

第一作者：雒军

机构：[1]甘肃中医药大学,甘肃兰州730000

第一机构：甘肃中医药大学

年份：2016

卷号：47

期号：7

起止页码：1180

中文期刊名：中草药

外文期刊名：Chinese Traditional and Herbal Drugs

收录：CSTPCD;;Scopus;北大核心:【北大核心2014】；CSCD:【CSCD2015_2016】；

基金：国家自然科学基金资助项目(81260616;81060327)

语种：中文

中文关键词：当归;咖啡酸-O-甲基转移酶;基因克隆;生物信息学分析;信号肽

外文关键词：Angelica sinensis（Oliv.） Diels; caffeic acid O-methyltransferase; gene cloning; bioinformatics analysis; peptide

摘要：目的克隆当归Angelica sinensis咖啡酸-O-甲基转移酶(caffeic acid O-methyltransferases,COMT)编码基因全长c DNA,并对序列进行生物信息学分析。方法提取当归叶片总RNA为c DNA合成模板,利用同源克隆结合c DNA末端快速扩增(RACE)技术克隆当归COMT全长c DNA,并利用NCBI、Ex PASy网站上的Blast N、Blast P、ORF Finder、Compute PI/Mw、Prot Scale、PROSITE、SWISS-MODEL等序列在线分析工具和MEGA、DNAMAN生物信息学软件对序列进行分析。结果获得COMT全长c DNA序列,并在Gen Bank注册(登录号KP188587)。序列分析表明,克隆的c DNA全长为1 436 bp,其中包括5’-UTR(76 bp)和3’-UTR(362 bp),含有1个1 098 bp的完整开放阅读框(opening reading frame,ORF),编码365个氨基酸的多肽链;预测蛋白质相对分子质量为40 230,理论等电点(p I)为5.43;无信号肽,具有典型的II型氧甲基转移酶结构域SAM_OMT_II。结论首次克隆当归COMT基因全长c DNA,为当归COMT基因功能研究和当归阿魏酸生物合成与调控的机制研究奠定基础。
Objective To clone the full-length c DNA of caffeic acid O-methyltransferase（COMT） encoding gene from Angelica sinensis and to perform bioinformatic analysis for the c DNA sequence. Methods Extracting the total RNA from the leaves of A. sinensis as c DNA synthesis template, the full length COMT c DNA of A. sinensis was cloned through homology-based cloning and rapid amplification of c DNA ends（RACE） technique. The bioinformatics of the c DNA sequence was analyzed by Blast N, Blast P, ORF Finder, Compute PI/Mw, Prot Scale, PROSITE, and SWISS-MODEL sequences online analysis tools on NCBI, Ex PASy, DNAMAN, and MEGA softwares. Results The full-length of COMT c DNA（1 436 bp） was obtained（Gen Bank accession number： KP188587）. It included 5＇-UTR（76 bp） and 3＇-UTR（362 bp）, with an open reading frame（ORF） of 1 098 bp, encoding 365 amino acid polypeptides. The relative molecular mass of COMT calculated was 40 230, theoretical isoelectric point（PI） was 5.43, and there was no signal peptide in COMT. The protein sequence contained typical class II O-methyltransferases domain： SAM_OMT_II. Conclusion A novol c DNA encoding COMT from A. sinensis is cloned. This work might establish an experimental basis for exploring COMT gene function and the biosynthetic and regulation of ferulic acid（FA） in A. sinensis.